Die ersten Reformationsströmungen in Krakau – Universitätsstadt, Zentrum der Kultur und Wissenschaft – gab es schon bald nach dem Erscheinen Luthers.
Obwohl die Veröffentlichungen Luthers auf dem Index der verbotenen Bücher standen, gab es unter den Krakauer Priestern solche, die begannen ihre Lehre von den Kanzeln zu verkünden (z.B. Jakob aus Iłża).
Unter den Befürwortern der Reformation befanden sich Mitglieder wichtiger Krakauer Familien, die ihr Anwesen für die Treffen der Protestanten zur Verfügung stellten (z.B. Jan Boner, Jost Decjusz, und berühmte Schriftsteller, wie Mikołaj Rej und Stanisław Orzechowski. Die Literatur der polnischen Reformation wurde in der Drucker von Maciej Wirzbięta in Krakau veröffentlicht.
Die erste evangelische Gemeinde wurde am 17. August 1557gegruendet, als der Pfarrer Grzegorz Paweł aus Brzeziny ein Gottesdienst hielt.
Seit dem Jahr 1572 besaßen die Protestanten eine Kirche in der ul. Jana 6, die wegen ihres großen Daches als „bróg” (Scheune) bezeichnet wurde.Diese Kirche wurde dreimal von einer Volksmenge in den Jahren 1574, 1587 und 1591 angegriffen. Während des letzten Angriffes wurde sie schließlich vollkommen zerstört, sodass ein anderer Ort für die Gottesdienste gesucht werden musste. Der erste Treffpunkt war Aleksandrowice und ab 1614 Wielkanoc und Łuczanowice.
Am Ende des 18. Jhd. nahmen die Protestanten dann an den Gottesdiensten in Sławatycze und in der Kirche St. Scholastyka in Krakau, die nicht mehr existiert, teil.
Ab dem Jahr 1784 gab es eine evangelische Pfarrei in Podgórze, die auch die Protestanten aus Krakau umfasste.
Im Jahr 1816 übergab dann schließlich der Senat der freien Stadt Krakau ,dank den Bemühungen Jerzy Samuel Bandtke, die ehemalige Karmeliter Kirche St. Martin in der ul. Grodzka 58 der evangelischen Gemeinde.
Die Krakauer Protestanten renovierten die Kirche und die angrenzenden Gebäude und eröffneten auch eine Schule, in der evangelische, katholische und jüdische Kinder gemeinsam unterrichtet wurden.
Ab 1902 existierte ein evangelischer Frauenverband, der eine Herberge für Arme und Arbeitslose führte. Die Mitglieder engagierten sich bei der Hilfe und Betreuung für Verletzte während des 1. Weltkrieges. Im Jahr 1937 erhielten die Frauen aktives und passives Wahlrecht.
Nachdem es nach dem ersten Weltkrieg erhebliche Probleme bezüglich der nationalen Zugehörigkeit der Gemeinde gab, wurde sie im Jahr 1922 an die evangelisch-augsburgische Kirche, mit Sitz des Konsistoriums in Warschau, angegliedert. Es entstanden damals Ablegergemeinden in Chrzanów, Jaworzno und Libiąż (neben der schon existierenden Nebengemeinde in Wieliczka-Lednica). In Krakau blieb nach wie vor die Kirche in der ul. Grodzka, wo Lutheraner und Reformierte gemeinsam ihre Gottesdienste hielten, der Haupttreffpunkt für jegliche Versammlungen und Feierlichkeiten.
In dem Zeitraum zwischen den Kriegen wurde die Kirche wieder renoviert, bekam Licht und elektrische Heizungen. In dem Fenster über dem Altar wurde ein Fenster installiert, welches der namenhafte Künstler Adam Ciompa entwarf.
Während des 2. Weltkrieges mussten die Krakauer Protestanten ihre Kirche verlassen. Die Nazis vernichteten das Flachrelief Mikołaj Rejs sowie 30 Gedenktafeln bedeutender Protestanten. Dank des Krakauer Metropoliten Adam Stefan Sapieha konnten die Gottesdienste in der römisch-katholischen Kirche St. Agnes abgehalten werden.
Nach dem 2. Weltkrieg wurde die St. Martins Kirche erneut Treffpunkt der Protestanten (Lutheraner und Reformierte). Die Pfarrer Karol Bronisław Kubisz und Roman Mikler waren nach den Kriegen angesehene Pfarrer, da sie sich sehr um das Wohl der Gemeinde kümmerten
Während ihrer Amtszeit wurde die Kirche erneut renoviert und es wurden die Diakonie und die freie Apotheke gegründet. Außerdem wurden Kontakte zu zwei reformierten Gemeinden in Roden (NL) geknüpft.
Seit 1992 befindet sich die weiterführende Schule (gimnazjum) und das Gymnasium (liceum) in den Räumlichkeiten der Gemeinde. Beides unterstützt durch die J.-S.-Bandtke Stiftung.
