Die ersten Reformationsströmungen in Krakau gab es schon kurze Zeit nach dem Auftreten von Martin Luther.
Unter den Anhängern der Reformation waren Mitglieder wichtiger und adliger Krakauer Familien, Theologen, berühmten Schriftstellern und Mitglieder vom Königshaus. Die erste protestantische Gemeinde in Krakau wurde am 17.August 1557 gegründet, aber das Kirchengebäude wurde erst 1572 geöffnet. Diese Kirche wurde 1591 zerstört, sodass sich die Krakauer Protestanten in der Zeit der Gegenreformation 50 km außerhalb der Stadt treffen mussten. Von Anfang an gehörten zur Gemeinde in Krakau die Protestanten augsburgischer und helvetischer Konfession.
1816 übergab der Senat der freien Stadt Krakau die St.Martins Kirche in der ul. Grodzka 58 den Protestanten. Es galt als Akt der Versöhnung nach der Zeit der Verfolgung und Zerstörung.
Die Krakauer Protestanten renovierten die Kirche und die angrenzenden Gebäude zum Nutzten der Gemeinschaft, da die Gemeindemitglieder erkannt hatten, dass die Bildung der jungen Menschen wichtig war. Daher gründeten sie eine Schule bei der Kirche , die evangelische, katholische und jüdische Kinder besuchten.
Während der Nazi Besatzung konnte die Kirche nicht benutzt werden. Deswegen wurden die Gottesdienste in der St.Agnes Kirche abgehalten. Nach dem Krieg wurde die St.Martins Kirche jedoch wieder der Treffpunkt der Protestanten aus Krakau.
Zu kommunistischen Zeiten konnten die Gebäude der Kirche wieder nicht benutzt werden. Erst seit 1992 war es für die Gemeinde möglich das Eigentum wiederzuerlangen und die Schule – Gymnasium und Liceum – wiederzueröffnen, welche von der J.-S.-Bandtke Stiftung betrieben und unterstützt werden.
Der langjährige Pfarrer Roman Mikler musste im Herbst 2005 aus gesundheitlichen Gründen seinen Dienst beenden. Nach mehreren Beratungen und Versammlungen trat schließlich Roman Pracki am 03.07.2006 offiziell in sein Amt.
Am 17. 08. 2007 feierte die Gemeinde ihr 450jaehriges Bestehen. Höhepunkt der Feierlichkeiten war eine wissenschaftliche Tagung, die sich der protestantischen Kultur widmete. Im Zusammenhang der Feier wurde außerdem eine Gedenktafel in der ul. Św. Jana enthüllt, welche den Standort der ersten Krakauer Gemeinde anzeigt.
Am 17.06.2012 wurde während eines feierlichen Gottesdienstes der neue Kirchenvorstand durch Bischof Tadeusz Szurman eingeweiht: Joanna Godfrejów, Stefan Kozieł, Marcin Król, Jerzy Kubisz, Andrzej Kułak, Krystyna Laskowska, Anna Płonka, Waldemar Uhl, Janusz Wiewiórka.
Die aktuelle evangelische Gemeinde augsburgischer Konfession in Krakau besteht aus ca. 530 Mitgliedern, unter denen 10 Mitglieder der reformierten Kirche in Polen sind.
